לאחר העליה ארצה השתלב בנימין יונס בסגל ההדרכה וההוראה בכפר הילדים מאיר שפיה (1936) בשנת 1942 נקרא להקים ולנהל את "אחוזת ילדים", פנימיה שהקימה ויצ"ו כמעון לילדים, ניצולי האניה פטריה שפוצצה בנמל חיפה. הפנימיה קלטה ילדי עליות שונות במענה לצרכיהם של כמאה ועשרים בנות ובנים בני 11 – 18 שנזקקו למקום לימודים והכשרה. החידוש בפנימיה זו (שהחל ב 1953) הייתה הכשרתם של החניכים, בתום לימודים היסודיים, כ'שוליות' במפעלים ושירותים שונים ברחבי חיפה לצורך הכשרתם המקצועית. לאחר שלושים שנות ניהול פנימיה זו (1972) פרש בנימין יונס לגימלאות בנהריה. משם יסד את סניף ארגון "אחים בוגרים" בחיפה. את נסיונו הרבה בחינוך מוסדי תיעד במאמרים שפורסמו בכתבי עת מובילים בישראל ובחו"ל, וכן בספר שחיבר, המתעד נסיון מקצועי המיוחד לטיפול ולקידום בני נוער במסגרת חינוך פנימייתי. בנימין יונס נפטר ממחלה קשה בקיץ 1985.